La Commission financière comprend trois membres de la Cour des comptes en activité désignés par le premier président, dont l’un préside la commission. Les membres de la commission financière sont désignés  pour une durée de cinq ans renouvelable. 

La commission financière est saisie de l’état annuel de prévision des recettes et des dépenses de l’Agence.

Les membres du Conseil supérieur sont désignés pour cinq ans. Leur mandat est renouvelable une fois.

L’AFP est administrée par un Conseil d’administration présidé par le président-directeur général.