El Instituto Wellcome Sanger, Parse Biosciences y el Centro de Salud Computacional de Helmholtz Munich anunciaron hoy una colaboración para sentar las bases de un atlas de genómica unicelular enfocado en comprender y elucidar la plasticidad del cáncer en respuesta a los tratamientos. La asociación busca catalizar una fase futura ambiciosa: desarrollar un atlas de plasticidad del cáncer que abarque cientos de millones de células.
El objetivo es crear un conjunto de datos integral que suministre modelos fundacionales para el descubrimiento de fármacos y la investigación oncológica mediante el uso de plataformas innovadoras de manipulación experimental de organoides e inteligencia artificial (IA).
Los investigadores principales serán el Dr. Mathew Garnett, líder de grupo en el Instituto Sanger, y el Prof. Fabian Theis, director del Centro de Salud Computacional de Helmholtz Munich y profesor asociado en el Instituto Sanger.
El equipo de investigación de Garnett ha generado cultivos de organoides en 3D novedosos que funcionan como modelos de cánceres muy escalables y funcionales capaces de capturar características clave de tumores en los pacientes. El equipo utilizará grandes cantidades de estos organoides tumorales —minitumores en placa de cultivo— como modelo para comprender mejor los mecanismos de plasticidad y adaptabilidad del cáncer en respuesta a los tratamientos.
El equipo de investigación de Theis ha sido ampliamente reconocido por desarrollar algoritmos computacionales pioneros a la hora de resolver desafíos biológicos complejos en la intersección entre la inteligencia artificial y la genómica unicelular, en este contexto particular, para el modelado in silico de los efectos de los fármacos en los sistemas celulares. La iniciativa se ejecutará a través de GigaLab de Parse Biosciences, una instalación de vanguardia diseñada específicamente para generar conjuntos masivos de datos de secuenciación de ARN unicelular a una velocidad sin precedentes.
Los equipos de Sanger, Helmholtz Munich y Parse desarrollaron métodos automatizados a fin de optimizar los procedimientos de laboratorio, además de los métodos computacionales necesarios para analizar y hallar información relevante en conjuntos de datos de esta magnitud.
El objetivo último de la colaboración consiste en construir un mapa de referencia de genómica unicelular que permita el modelado virtual de células y, potencialmente, ayudar a predecir el efecto de los fármacos en pacientes con cáncer —dónde podría generarse una resistencia, a qué compuestos y hacia dónde orientar las iniciativas siguientes del tratamiento—.
Garnett, líder de grupo en el Instituto Wellcome Sanger y codirector de la asociación, declaró: "Desarrollamos una plataforma transformadora que permite tanto el cribado de organoides a gran escala como la generación y el análisis de los datos posteriores. Es decir, que podría redefinir todo lo que sabemos acerca de las respuestas a los tratamientos oncológicos. Nuestro propósito es desarrollar una comunidad que reúna a los mejores expertos de la academia y la industria para hacer avanzar el proyecto. Los estudios de esta magnitud son fundamentales para desarrollar modelos fundacionales que nos ayuden a comprender mejor la progresión del cáncer y lograr los avances que son tan urgentes y necesarios en este campo".
Theis, director del Centro de Salud Computacional de Helmholtz Munich y codirector de la asociación, señaló: "Nuestra visión de un modelo virtual de manipulación experimental de células es cada vez más factible gracias a los recientes avances en IA, pero para escalar de manera efectiva necesitamos grandes conjuntos de datos de alta calidad sobre las manipulaciones experimentales unicelulares. Esta colaboración hace posible esa escala. Por eso, me entusiasma la idea de avanzar hacia un diseño experimental impulsado por IA en el descubrimiento de fármacos".
El Dr. Charlie Roco, director de Tecnología de Parse Biosciences, añadió: "Estamos sumamente entusiasmados de llevar la potencia de GigaLab a socios que son visionarios. Con la tecnología de codificación molecular Evercode de Parse, GigaLab puede producir rápidamente grandes conjuntos de datos de genómica unicelular y con una calidad extraordinaria. La combinación de la experiencia del Instituto Wellcome Sanger y de Helmholtz Munich con la velocidad y escala logradas por GigaLab nos brinda la oportunidad de transformar nuestra comprensión del cáncer de manera substancial".
Acerca de Parse Biosciences
Parse Biosciences es una empresa mundial de ciencias biológicas cuya misión es acelerar el progreso de la salud humana y la investigación científica. Gracias a su enfoque pionero, que permite a los investigadores realizar secuenciación unicelular a una escala y con una facilidad sin precedentes, se han hecho descubrimientos revolucionarios en el tratamiento del cáncer, la reparación de tejidos, la terapia con células madre, las enfermedades renales y hepáticas, el desarrollo cerebral y el sistema inmunitario.
Con tecnología desarrollada en la Universidad de Washington por sus cofundadores Alex Rosenberg y Charles Roco, Parse lleva recaudados más de $100 millones en capital y la utilizan más de 2 500 clientes alrededor del mundo. Su creciente cartera de productos incluye Evercode™ Whole Transcriptome, Evercode™ TCR, Evercode™ BCR, Gene Select y una solución para el análisis de datos, Trailmaker™.
Parse Biosciences tiene su sede en el vibrante distrito de South Lake Union de Seattle, donde recientemente se ha ampliado a una nueva sede y un laboratorio de última generación. Para obtener más información, visite https://www.parsebiosciences.com/.
Acerca de Helmholtz Munich
Helmholtz Munich es un centro líder en investigación biomédica. Su misión es desarrollar soluciones innovadoras que mejoren la salud en un mundo en rápida evolución. Equipos de investigación interdisciplinarios se dedican a enfermedades provocadas por factores ambientales, especialmente al tratamiento y la prevención de la diabetes, la obesidad, las alergias y las enfermedades pulmonares crónicas. Con el poder de la inteligencia artificial y la bioingeniería, los investigadores agilizan la transferencia de los avances hacia los pacientes. Helmholtz Munich cuenta con alrededor de 2 500 empleados y tiene su sede en Múnich/Neuherberg. Es miembro de la Asociación Helmholtz, la organización científica más grande de Alemania, que cuenta con más de 43 000 empleados y 18 centros de investigación. Obtenga más información sobre Helmholtz Munich (Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt GmbH): www.helmholtz-munich.de/en.
Acerca del Instituto Wellcome Sanger
El Instituto Wellcome Sanger es uno de los principales centros mundiales de investigación genómica. Llevamos adelante investigaciones a gran escala que constituyen las bases del conocimiento en biología y medicina. Somos abiertos y colaborativos; nuestros datos, resultados, herramientas y tecnologías se comparten en todo el mundo para lograr avances en las ciencias. Somos muy ambiciosos: abordamos proyectos que no son posibles en ningún otro lugar. Utilizamos el poder de la secuenciación del genoma para comprender y utilizar la información contenida en el ADN. Financiados por Wellcome, contamos con la libertad y el apoyo para ampliar los límites de la genómica. Nuestros descubrimientos se utilizan para mejorar la salud y comprender la vida en la Tierra. Puede obtener más información en www.sanger.ac.uk o seguirnos en Twitter, Facebook, LinkedIn y nuestro blog.
Acerca de Wellcome
Wellcome apoya las ciencias para resolver los desafíos urgentes de salud que nos afectan a todos. Respaldamos las investigaciones sobre la vida, la salud y el bienestar, y abordamos tres desafíos globales para la salud: la salud mental, las enfermedades infecciosas, y el clima y la salud: https://wellcome.org/.
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